همه فعالیتهای اولیه حیوانی (عکسالعملهای خودبهخودی مانند تنفس، گردش خون و کارهای اولیه برای زنده بودن) در ساقه مغز انجام میشود، اما آنچه که فعالیت انسان را از حیوان متمایز میکند، فعالیت قشر مغز است. این قسمت از مغز در انسانها خیلی پیشرفتهتر از حیوان است. اگر کورتکس یا قشر مغز فعالیت خود را از دست بدهد، فرد دچار وضعیتی به نام نباتی میشود؛ یعنی بیدار است، نگاه میکند و حتی ممکن است چرخه خواب شبانه و بیداری روزانه را داشته باشد ولی هیچ پاسخ هدفداری به محرکهای بیرونی نمیدهد و به مراقبت دائمی نیاز دارد و مثل یک گیاه باید از او نگهداری شود. شانس برگشت فعالیت مغزی افرادی که بیشتر از یک ماه در این وضعیت بمانند، خیلی کم است. اما مرگ مغزی وقتی است که هر 2 قسمت کورتکس و ساقه مغز از کار بیفتند. در مرگ مغزی، قلب کار میکند و به همه اعضا غیر از مغز خونرسانی میکند. برای اثبات مرگ مغزی به آنژیوگرافی مغز نیاز است. در مرگ مغزی خونی از مغز عبور نمیکند. همچنین نوار مغزی بیماران امواج صافی را مخابره میکند. این 2 علامت نشانه آسیب شدید به جمجمه و برگشتناپذیر بودن عملکرد مغز است. بیمار دچار مرگ مغزی هرگز به زندگی برنمیگردد.